Broad Institute, Intel y Google se unen para avanzar en la investigación biomédica

El Broad Institute, una entidad perteneciente al MIT y a Harvard que colabora con Intel desde 2017, ha conseguido optimizar sus flujos de trabajo gracias a la migración de sus cargas de trabajo de las instancias de Google Cloud N1 a Google Cloud N2. Este movimiento ha sido una respuesta necesaria para afrontar un espectacular aumento que se ha producido recientemente en la generación de datos genómicos, y también responde a sus crecientes requisitos de investigación computacional.

Intel y Google también han mantenido una importante colaboración para poder acelerar las claves de la investigación genómica. En este sentido, hay que destacar aspectos como la modularización de los flujos de trabajo, al ajuste del tamaño de las instancias en la nube en función de las necesidades de la carga de trabajo, y la optimización para los procesadores Intel Xeon Scalable. Estas claves han permitido a los usuarios del Broad Insitute ejecutar sus flujos de trabajo de genómica en Google Cloud alrededor de un 25% más rápido, y reducir sus costes en un 34%.

En comparación con el despliegue inicial de las cargas de trabajo en Google Cloud, la colaboración entre Broad Institute, Intel y Google también hizo posible una reducción del 85% en el coste del procesamiento de datos, una cifra que nos permite asimilar mejor la importancia que ha tenido todo este proceso de optimización para dicha entidad.

Geraldine Van der Auwera, directora de divulgación y comunicaciones de la Plataforma de Ciencia de Datos en el Broad Institute del MIT y Harvard, comentó:

“Sabíamos que la nube permitiría un nivel totalmente nuevo de federación de datos y colaboración, y que podríamos trabajar con otros para crear un ecosistema de datos basado en la nube, en el que los investigadores podrían combinar sus flujos de trabajo en más de los datos que generaran con otros conjuntos de datos en experimentos computacionales más valiosos y potentes.”

La colaboración de Intel con el Broad Institute se centró en la optimización de sus pipelines en Google Cloud. Así, determinados núcleos del «Genome Analytics Toolkit» están optimizados para operaciones vectoriales que aprovechan la tecnología Intel Advanced Vector Extensions 512 (instrucciones AVX-512), mientras que otras funciones centradas en el almacenamiento están optimizadas para aprovechar la Intel Intelligent Storage Acceleration Library (Intel ISA-L).

Esto es importante porque la genómica ha cambiado la forma en que se utiliza, y se practica, la ciencia biológica. Con la ayuda de Intel y Google Cloud, Broad Institute ha conseguido colocarse a la vanguardia de la innovación, y ha logrado acelerar la investigación genómica. Al migrar a la nube y optimizar las cargas de trabajo para las instancias de Google Cloud, Broad Institute pudo resolver, de una manera eficiente, los principales desafíos de capacidad de almacenamiento y capacidad computacional que tenía que afrontar, y lo hizo de una manera escalable y con visión de futuro.