El Instituto Allen y Google desarrollan una plataforma que explora el sistema inmunitario

El Instituto Allen de Inmunología ha presentado una plataforma interactiva, desarrollada en colaboración con Google, y centrada en servir como escaparate para mostrar el sistema inmune de los humanos. Es el Human Inmune System Explorer, y ofrecer, tanto a investigadores como al público en general, diversos datos, recursos y herramientas de análisis para explorar el sistema inmune.

En el desarrollo de la plataforma, que se suma a otras dos del instituto para mostrar las células (Allen Cell Explorer) y el cerebro (Allen Brain Map), el Instituto Allen ha aprovechado, por primera vez, la oferta de servicios cloud de Google, entre las que está Vertex AI. Los de Mountain View han estado muy implicados en el desarrollo, participando en reuniones semanales con los investigadores del instituto, según GeekWire. En su desarrollo, que ha llevado unos tres años, ha trabajado un equipo multidisciplinar compuesto por científicos e investigadores que trabajan en laboratorios, y una decena de desarrolladores de software.

Paul Mejier, Director de desarrollo de software, bases de datos y canales en el Instituto Allen, espera que a medida que la plataforma vaya madurando, los investigadores que trabajan en inmunología vayan utilizándola más, lo que la dotará con más datos a su vez. Human Inmune System Explorer rastreará distintos tipos de células, moléculas y otros aspectos de la inmunidad en personas sanas, así como en las que sufran patologías como el COVID-19 y el cáncer.

En la actualidad es capaz de ofrecer protocolos que describen cómo recopilar datos clínicos y moleculares de una misma persona a lo largo del tiempo. También una app de visualización llamada TEA-sea que captura tres tipos de datos en las células inmunes independientes, y lo hace de manera simultánea: proteínas de la superficie de la célula, el RNA que hay en el interior de la célula e información epigenética que sugiere qué genes están activos.

La plataforma también ofrece una herramienta de visualización de datos interactiva, que muestra cómo afectan a las células inmunitarias el retraso en el proceso de muestras. Y un sistema de visualización de diversos tipos de datos de pacientes en distintos puntos de su vida, al que han llamado PALMO.

Además de mostrar toda esta información y posibilidades, la plataforma busca ayudar a simplificar la catalogación, visualización y análisis de cantidades enormes de datos que se recopilan en estudios del sistema inmunitario de los humanos. Esto se suma a la finalidad del instituto, que se encarga de promover la ciencia abierta, colaborativa y multidisciplinar, además de estar comprometido a aumentar la diversidad de sujetos humanos representados en la plataforma. Básicamente, quieren que entre otras cosas, los usuarios de la plataforma puedan filtrar campos de datos por condiciones preexistentes de las personas o sus condiciones sociales.